10 Ocak 2013 Perşembe

HARVARD’DA EMBRİYONİK GELİŞİM VE ORGAN OLUŞUMU ÜZERİNE ARAŞTIRMA YAPAN BİYOLOG AYSU UYGUR

HAYATI KEŞFEDEN BİYOLOGLAR


Harvard Üniversite Genetik departmanında Dr. Cliff Tabin’in laboratuvarında doktorasını yapan Biyolog Aysu Uygur,  Gelişim biyolojisi ve evrim biyolojisi alanındaki çalışmaları,  ve bir doktora öğrencisi olarak araştırma yapmanın değişik yönleri hakkında bilgi verdi.
Amerika’da gelişim biyolojisi önemli bir alan, çünkü hem kök hücreden organ yapma ve doku mühendisliği konularıyla direkt bağlantısı var, hem de genetik hastalıkların anne karnındaki gelişime etkisi olduğu için tıbbi bir önemi var. Uygur, henüz başkalaşmamış hücrelerin, embriyonik gelişim esnasında hangi sinyallere ve süreçlere maruz kalarak başkalaştığı ve bir organı oluşturduğunu, embriyo üzerinde deneyler ve gen ifadesi analizleri yaparak öğrenmeye çalışıyor.
Ne üzerine çalışıyorsunuz?
Şu anda Dr. Cliff Tabin’in laboratuvarında embriyonik gelişim, organ oluşumu ve evrimsel biyoloji konularının kesişiminde iki farklı projem var. Embriyonik gelişim sürecinde, organların ve morfolojik örüntülerin (pattern) gelişimine bakıyorum. Projelerimden bir tanesi omurilikte sinir hücrelerinin dizilimine, bir diğeri ise el,ayak oluşumu ve beşparmaklılık üzerine. Gelişim biyolojisinin cevaplamaya çalıştığı temel soru, henüz başkalaşmamış hücrelerin, embriyonik gelişim esnasında hangi sinyallere ve süreçlere maruz kalarak başkalaştığı ve bir organı oluşturduğu. Fare, çöl faresi, tavuk, ispinoz, deve kuşu ve at embriyolarında deney ve gen ifadesi analizleri yapıyorum.

Kısaca kendinizden bahsedebilir misiniz?
Lise eğitimim sonrası Amerika’ya geldim. Boston’da yaşıyorum, Harvard doktoramı yapıyorum. Ara sıra Türkçe bilim dergilerine popüler bilim yazıları ve Yalansavar.org adresinde hurafe çürütme yazıları yazıyorum. Türkiye’deki bilim haberlerini okurken artık daha fazla dayanamayacağıma karar verdiğim bir gün, http://bilmiyim.blogspot.com adresinde bir ‘bilim haberleri blogu’ başlattım, medyada gördüğüm hatalı bilim haberlerini düzeltiyorum. Bunu eğlenceli bir şekilde yapmaya çalışıyorum, insanların bilimle ilgilenmemesinin sebebinin, çoğu kaynağın bilimi eğlenceli bir şekilde anlatmaması olduğunu düşünüyorum. Birşeyi iyi yapmak için, muhakkak ciddi olmak gerekmiyor.


Bugüne kadar eğitim aldığınız ve çalıştığınız kurumlar hakkında bilgi verebilir misiniz?
Lisansımı, yine Boston’da Brandeis Üniversitesi’nde biyoloji alanında aldım. Mezun olduktan sonra lisans tezimi yazdığım laboratuvarda bir sene çalıştım, ardından Harvard Tıp Fakültesi’nde doktorama başladım. Boston, çok sayıda çok iyi üniversiteyi barındıran bir şehir olduğu için güçlü bir bilim çevresine sahip, bu açıdan güzel. Tıp fakültesinde olmanın faydaları ise, hem insan sağlığı ile ilgili konulara çok yakın olmak hem de genetik departmanının ve temel bilimlerin doğasından ötürü, yaptığınız araştırmanın insan sağlığı ile sınırlı olmak zorunda olmaması.

Eğitim aldığınız kurumların halen bulunduğunuz konuma gelmenizdeki katkıları nelerdir, şu anda çalıştığınız kurumu neden seçtiniz?
Aslında hala öğrenci olduğum için, bulunduğum konum çok özel değil. Akademide ‘bir yere gelmek’ kavramı göreceli birşey: akademide bir yerlere gelmek pek bitmiyor, sürekli öğrenmek ve kendinizi geliştirmek zorundasınız. Bir şirketi yönetmiyor, geleceğiniz en üst konuma gelmiyor ve bilmeniz gereken her şeyi bilmiyorsunuz. Sürekli öğrenmeniz gereken yeni bir şey veya soracak yeni sorularınız var. Öğrenmeniz gereken birşey kalmamışsa, zaten akademide olmak için bir motivasyonunuz kalmamış demektir.

Eğitim aldığım kurumların bana katkısına liseden itibaren başlamam gerekir. Robert Koleji, bazı konularda güçlü gelenekleri olan bir okul. Tiyatro, müzik, biyoloji, münazara bunlardan bazıları. Biyolojide aldığım lise eğitiminin, Türkiye ve Amerika’daki birçok üniversitenin biyoloji giriş derslerinden çok daha iyi olduğunu düşünüyorum, zaten çoğumuz, Amerika’da biyoloji giriş derslerini atlayacak seviyede bitirdik liseyi. Hem teorik hem pratik olarak, bilgi yığınından ziyade, düşünce biçimini öğrendik. Dolaşım ve bağışıklık sistemini öğrendiğimiz bir dersin ardından sınav sorusu, ezberlenmiş bilgilerin dökümü değil, mesela Afrika’da bir hastalığın semptomları ve fizyolojik olarak neyin yanlış gitmiş olabileceğine dair durum değerlendirmesi olurdu.
“Biyoloji Derslerde Değil, Laboratuvarda ve Sahada Öğreniliyor”
Amerika’ya lisans eğitimim için Brandeis Üniversitesi’ne geldim. Araştırma laboratuvarları çok güçlü bir üniversiteydi ve derslerle beraber, 2. sınıftan itibaren bir laboratuvarda araştırma yapmaya başladım. Bu daha çok ‘çıraklık’ olarak başladı diyebilirim. Ama şunu öğrendim, biyoloji derslerde değil, laboratuvarda ve sahada öğreniliyor. Biyokimya ve hücre biyolojisi alanlarında, tek hücreli mayalarda aktin hücre iskeleti dinamiklerini çalıştım, lisans tezimi de yine bu konuda yazdım. O zamanki profesörüm, belki Türkiye’de pek olmayacak bir şekilde, lisans öğrencisi olmama rağmen bazen saatlerce benimle bilim tartışırdı, arkadaşlarım ofisin kapısına  beni kurtarmaya gelirlerdi. Bu, daha çok, O’nun benimle projem hakkında konuşması, benim projemle ilgili fikirlerimi organize etmesi, elimizdeki bulguları değerlendirmemiz şeklinde olurdu. Ben de heyecanlı bir lisans öğrencisi olarak literatür taraması yapmaya, projem için deney başında sabahlamaya o zamanlar başladım, bu heyecanın ilk yıllardaki kadar roket atar seviyesinde olmadığını eklemem gerekir, ama kalanıyla da devam ediliyor! Burada hoca tarafından pozitif yönlendirme çok önemli.
“Türkiye’de de, Öğrencilerin Bu Şekilde Teşvik Edilmesi Gerekli”
O zamanlar daha çömez olarak çok saçma bilmsel önerilerle gelmiş olabilirim, şimdi hatırlamıyorum, ama hocam benimle fikir tartışırken hep çok harika bir fikir duymuş, ama şu noktada geliştirilebileceğini eklemesi gerekirmiş gibi davranırdı. Bence Türkiye’de de, öğrencilerin bu şekilde teşvik edilmesi gerekli. Saygı duyduğunuz ve sizin fikirlerinize saygı duyan bir hocanız olması, hem bilimsel özgüven hem de doğru yönlendirilme açısından çok önemli. Henüz lisans öğrencisiyken kendi projenizin sorumluluğunu almak, fikir ve hipotez geliştirmek, data üretmek de çok önemli! Zor birşey de değil, sadece fırsat lazım, ve tabii ki yaptığınız şeyi severek yapmak. Amerika’da bunu yapmaya lisansta başlayan benim gibi birçok öğrenci var.
 ‘’Doktora süreci bana bağımsız düşünmeyi öğretti’’
Lisanstan mezun olduktan 1 sene sonra, Harvard’da doktoraya başladım. Bulunduğum laboratuvarı seçmemin sebebi, genel olarak çalışılan konuya ilgi duymam ve profesörümün öğrencilerine bakış açısıydı. Buradaki hocamın bana en büyük katkısı, bağımsız düşünmemi sağlamış olması. Aşağı yukarı 15 kişilik laboratuvarımızda, kendisi kimsenin projesine ve fikirlerine müdahale etmez, bizim proje yönetmedeki insiyatifimize ve bilimsel becerimize sonsuz güven duyar. Güven olmadan, bağımsız düşünce, bağımsız düşünce olmadan da yaratıcı bilim insanı olmaz. Tabi çok çalışmak, okumak, deneylerinizi dikkatli dizayn etmek ve projenize doğru yön vermek de sizin sorumluluğunuz.

Halen pratiğini yaptığınız branşın Türkiye ve ABD’deki durumunu karşılaştırabilir misiniz?
Gelişim biyolojisi ve evrim biyolojisi, bildiğim kadarıyla Türkiye’de çok çalışılan alanlar değil. Biz hem embriyoda organ oluşumuna, hem de evrimsel süreçlerin embriyonik sürece olan etkilerine bakıyoruz. Temel bilim (basic science), direkt olarak uygulamalı olmadığı için, sanırım Türkiye’de ilgi daha çok kanser gibi, daha kolay para fonu alınabilen alanlara kayıyor. Amerika’da gelişim biyolojisi çok önemli bir alan, çünkü hem kök hücreden organ yapma, doku mühendisliği konularıyla direkt bağlantısı var, hem de genetik hastalıkların anne karnındaki gelişimde rolü olduğu için tıbbi bir önemi var.

Halen çalışmakta olduğunuz kurumu ya da çalışmış olduğunuz kurumları eğitim, araştırma ve sağlık hizmetleri konuları açısından Türkiye’de kurumlar ile karşılaştırabilir misiniz?
Harvard Tıp Fakültesi, temel bilim laboratuvarları ve bünyesindeki birçok iyi hastane ile tıbbi ve temel bilim araştırmalarında önemli bir yere sahip. Türkiye’deki araştırma hastaneleri benzer bir sistem ile çalışıyor olsa da, sanırım Amerika’daki araştırma hastanelerinde temel bilimlere de çok önem veriyor olması, Türkiye’de pek olmayan birşey.

Türkiye’de halen eğitim almakta olan biyoloji öğrencilerine ya da biyologlara neler önerirsiniz?
Bol bol makale okusunlar! Biyoloji derslerde değil, aktif olarak devam eden araştırmalarla öğreniliyor. Mümkünse sene içinde bir laboratuvarda çırak olarak başlayıp bilimsel metodoloji ve düşünceye aşina olsunlar. Yazın yurt dışına staja gitsinler… Bütün bunlar, hem bu işi yapmayı isteyip istemediğinizi öğrenmek için önemli, hem de bu yolda devam etmek istiyorsanız çok önemli öğrenim tecrübeleri.

Hangi bilimsel dergileri takip ediyorsunuz?
Pubmed’de ilgilendiğim konuda tarama yapınca çıkan yayınları okuyorum, iyi bir dergide olduğunu bilmem yeterli. Bunlar Nature, Science, Cell gibi büyük dergilerin yanı sıra, Developmental Cell, Current Biology, PNAS, Development ve Developmental Biology gibi dergiler de olabiliyor.

Mesleğinizle ilgili en çok ziyaret ettiğiniz 3 internet sitesi nedir?
Malesef hepsi biraz teknik. www.ncbi.nlm.nih.gov, www.pubmed.org, www.enseml.org. Genelde gen dizilimi analizleri ve makale taraması için giriyorum buralara. Nature News, başka alanlardaki gelişmeleri takip etmek için güzel bir kaynak.

Alanınızda araştırma yapanlara mutlaka okumalarını tavsiye ettiğiniz kitaplar hangileri?
Popüler bilim kitabı olarak, Neil Shubin’den Your Inner Fish. Eğer biraz daha akademik ama ağır olmayan okumalar istiyorsanız, D’Arcy Wentworth Thompson’dan ‘On Growth and Form’ bir biyoloji klasiği. Tabii ki,  Charles Darwin, ‘Türlerin Kökeni’, bir biyoloji kutsal kitabı olarak görülmesi gerektiği için değil (bu bence yanlış), evrimsel düşüncenin hangi sorgulamalarla başlaması gerektiğini öğrenmek için ve yine bir bilim klasiği olduğu için. Stephen Jay Gould’un denemelerini ve makalelerini okumalarını tavsiye ederim, internetten rahatlıkla bulunabiliyor. Bir de, ilgi duyduğunuz herhangi bir alandaki akademik review makalelerini okumak, o konu hakkında fikir edinmek için aslında en güvenilir kaynak.


Bilim ile uğraşan veya ilgilenen herkese mutlaka okumalarını tavsiye ettiğin bir kitaplar hangileri? Ayrıca yaptığınız spor, tavsiye edeceğiniz film, müzik nelerdir? Bulunduğunuz kurumun size sunduğu sosyal etkinlikler nelerdir?
Daha önce söylediğim kitapların yanı sıra, bir kitapçıya girdiğinizde ‘bilim kitapları’ kategorisinde olmayacak birkaç kitap ismi vereyim. Aldo Leopold’un ‘A Sand County Almanac’ı gözlem gücünün önemini çok güzel anlatır. İhsan Oktay Anar’ın Kitab-ül Hiyel’ini seviyorum, bilimin amacına felsefi bir sorgulama olduğu için. Bir de Edgar Allen Poe hikayeleri bence analitik düşünce ve bilimsel sorgulamaya, bilimsel bağlamda olmasa da güzel örnekler oluşturuyor.

Bisiklete biniyorum, laboratuvardan arta kalan zamanlarda çevredeki parklara hiking için, veya kışları kayağa gidiyoruz.Yarı-profesyonel bir müzik grubumuz var, çok olmasa da hem para kazanıyoruz, hem de bilimden iyi bir mola oluyor. Bu arada laboratuvarda işlerin her zaman güllük gülistanlık ilerlemediğinin, çoğu günler herkesin kahve molasında birbirine ağladığının, o yüzden bilimin yanı sıra başka bir işle uğraşmanın ruh hastalıklarını önleme konusundaki öneminin altını çizmem lazım.
Yurt dışında biyolog olmanın sıkıntıları nelerdir?
Türkiye’yi özlemek dışında, çok bir sıkıntısı yok.

Türkiye’de biyolojinin durumu nedir? Ülke dışında tahsil almak gerekli midir? Kimler için daha uygundur?
Türkiye’de biyolojinin durumu konusunda ahkam kesmeyeyim, çünkü lisansı orada yapmadım. Fakat yurt dışında eğitim almayı herkese öneririm. Sebebi, Türkiye’den daha iyi olması falan değil; genel olarak, yurt dışındaki araştırma kültürünü edinmemizin gerekliliği. Duyduğum ve az biraz gözlemlediğim kadarıyla, Türkiye’de halen ağır bir hiyerarşı var akademide. Hakettiğiniz yere gelemiyor olmanız da cabası. Bu ikisi, akademide çok önemli iki özelliği zaten geçersiz kılıyor: özgüven ve çalışkanlık. Kendinize ve fikirlerinize güvenemiyorsunuz, çünkü hocanız her koşulda sizden daha iyi bildiğini düşünüyor. Çok çalışmıyorsunuz, çünkü bazen çalışsanız da hakettiğinizi alamıyorsunuz! Bu tabii ki Türkiye’de her kurumda böyle değildir, çok iyi hocalar da var ve onların hakkını yemek istemem. Fakat, yurt dışındaki sistemi görmüş insanlar çoğaldıkça, ve Türkiye’ye geri dönüp iyi pozisyonlara gelebildiğinde, gördükleri araştırma kültürünü de getirecekler ve bu durum düzelecek diye umuyorum.

ABD’deki kurumların yabancı biyologlara karşı özel bir tutumu var mıdır?
Zaten Amerika’daki bilim çevresi epey uluslararası bir topluluk. Doktora programlarına girmek halen uluslararası öğrenciler için daha zor, fakat doktora programına alındıktan sonra kendinizi yabancı hissetmiyorsunuz. Amerikalılar da gayet yeniliklere açık, meraklı insanlar. Turkish delight, Turkish hamam, ‘Turkish is a very mathematical language!’ diyerek 5-6 seneyi tamamlayabilirsiniz. Bizim laboratuvarımızda bir ara herkes Amerikalı, Avrupalı kendi bilgisayarından ‘İstanbul otobüs rengini seçiyor’ kampanyasında oy kullanmıştı. Kültür alışverişi ve kaynaşmanın geldiği nokta bazen çok uçuk olabiliyor.

ABD’deki ünlü araştırma merkezlerine eğitim amaçlı olarak girebilmek mümkün müdür?
Amerika’da vatandaş olmamanız doktora programlarına kabülünüzü zorlaştıracaktır elbette ama özellikle bilim gibi konularda iyi bir öğrenci dünyanın neresinden olursa olsun en iyi programlara ve araştırma merkezlerine de alınır.

Halen üzerinde çalışmakta olduğunuz araştırma konuları nelerdir?
Embriyonik gelişimde organ oluşumu çalışıyorum. Morfolojik örüntüleri (pattern) incelemesi açısından birbiriyle bağlantılı, ama aslında iki ayrı projem var. Birincisi, embriyoda omurilik oluşumu ve sinir hücrelerinin dizilimi ile ilgili. Bu süreci yöneten mekanizmalara ve embriyonun boyutuyla olan bağlantısına bakıyorum. İkinci projem, daha çok evrimsel biyoloji alanında. Tetrapodlar olarak beş parmaklı olmamızın, ve bu örüntünün uğradığı evrimsel değişimlerin hangi embriyonik gelişim adaptasyonları yoluyla olduğunu bulmaya çalışıyorum. Bir balina da, bir kertenkele de ve bir yarasa da, tıpkı bizim gibi beş parmaklı. Peki bunu adapte etmek zorunda kalan hayvanlar (mesela, hız avantajından dolayı tek parmağa inmiş at)  el gelişimindeki hangi mekanizmaları değiştirerek bunu yaptı? Evrimsel süreçlerin hangi mekanistik yollarla işlediğini bulmak artık çok önemli ve buna bakmanız gereken yer embriyonik gelişim süreci.

Bu çalışmaları hangi kurumda yapmaktasınız, ekibinizden bahsedebilir misiniz?
Laboratuvarımızda, ekip olarak herkesin araştırma konusu farklı, fakat gelişim biyolojisi, embriyoloji ve evrim alanlarında yoğunlaştığımızı söyleyebilirim. Bağırsakların şeklini hangi biyomekanik etkilerle aldığından tutun da, semenderlerde kol rejenerasyonunu inceleyen veya kör mağara balıklarının gözlerini hangi evrimsel mekanizmalarla kaybetmiş olabileceğini araştıran, belki de okuldaki en sıradışı konularla uğraşan laboratuvarız. Genellikle laboratuvarlar, ’göz gelişimi’ veya ‘diyabet’ gibi, belirli bir konuya yoğunlaşır, herkes bu aynı konunun farklı yönlerini çalışır. Bizde ise, laboratuvarda 12  farklı model hayvan ve  14-15 tamamen farklı konu araştırılıyor.

Bize araştırma ekibinizin bir rutin gününü anlatabilir misiniz?
Gün içinde laboratuvara geliş-gidiş saati herkes için farklı oluyor, şirket gibi çalışmıyoruz, herkes kendi programında işliyor. Benim için, email cevaplama faslından sonra günüm deney programımı yapmakla başlıyor. Birkaç deney birden yürütülen günlerde, deneylerin birbiriyle çakışmaması için zamanlamayı doğru ayarlamak gerekiyor. Mikroskopi, deney hayvanlarına ameliyat, gen ifadesi analizi veya protein analizi için doku boyama gibi farklı teknikler ve deneyler aynı gün içinde olabiliyor. Herkes genelde deneylerini tek başına planlıyor ve yapıyor olsa da, gün içinde birbirimizden birçok konuda yardım istiyoruz. Bu yardımlar, ‘sen uzunsun, hadi bana şu üst raftan deney tüplerini atıver’ den başlayıp, ‘bu karaciğer ameliyatlarından geçen ay çkan sonuç artık çıkmıyor, ne olmuş olabilir? Önerilerle gelin yoksa laboratuvardaki bütün fiksatifleri içip intihar edeceğim’ e kadar varabilyor. Herkesin kendi projesi olmasına rağmen, fikir alışverişi, tekniklerin öğrenilmesi, hepimizin birbirine danıştığı konular.





Hiç yorum yok:

Related Posts Plugin for WordPress, Blogger...