23 Haziran 2014 Pazartesi

HARVARD TIPTA MİKROBİYOTA ALANINDA DOKTORA SONRASI ÇALIŞMALARINI SÜRDÜREN BİYOLOG DENİZ ERTÜRK

HAYATI KEŞFEDEN BİYOLOGLAR

Harvard Üniversitesi Tıp Fakültesinden Dennis Kasper’in laboratuvarında çalışmalarını sürdüren Biyolog Deniz Ertürk, mikrobiyotı ilgili çalışmaları  ve doktora sonrası araştırma yapmanın tüm yönleri hakkında bilgi verdi.

Amerika’da Bacteroides fragilis’in önleyici ve tedavi edici etkileri gün geçtikçe daha da çok gündeme gelmeye başlıyor.  Deniz Ertürk, mikrobiyotayı oluşturan mikroorganizmaların sindirmeye yardımcı olmak ve bazı vitaminleri üretmek dışında, bağışıklık sitemini regüle ederek bazı hastalıklara direk etki ettikleri üzerine araştırmalarını sürdürüyor. 

Ne üzerine çalışıyorsunuz?
Çalıştığım laboratuvarda genel olarak, mikrobiyota yani vücudumuzda yaşayan mikroorganizmalar ile bağışıklık sistemimiz arasındaki ilişkileri araştırıyoruz. Benim projem “Bacteroides fragilis” adı verilen kommensal (diğer bir organizmanın üzerinde veya içerisinde yaşayan ancak zarar vermeyen organizma) bir bakterinin bağışıklık sitemine etkileri üzerine. Bu bakterinin hücre zarında bulunan, Polisakkarid A isimli bir kommensal antijenin, bağırsaklarda bulunan bağışıklık hücrelerinde hangi sinyalleme yöntemlerini kullandığını anlamaya çalışıyorum.

Hangi tip hastalıklarla ilgili? 
Bizim çalıştığımız bakteri, Bacteroides fragilis, normal şartlarda bağırsakta yaşayan ve hastalık yapmayan bir bakteri. Sadece bağırsak yaralanmaları sırasında karın boşluğuna sızarsa periton içi apse oluşumuna sebep olabiliyor. Bağırsak içinde ise bunun aksine olumlu etkileri var. Hem bağırsakla ilgili hem de bağırsak dışı birçok hastalığı önlemede önemli bir rol oynadığı gösterildi. Bacteroides fragilis’in önleyici ve tedavi edici etkileri, ülseratif kolit ve Crohn’s hastalığı gibi enflamasyonlu bağırsak hastalıklarında, alerji ve multipl skleroz gibi otoimmun hastalıklarda ve hatta otizm hastalığında gözlemlendi. Tabii bu çalışmalar genelde fare modelleri kullanılarak yapılıyor. İnsanlarda bu hastalıkların tedavisi için kullanılma potansiyeli var fakat henüz klinik denemelere başlanmadı. 


Bu hastalığın dünyada ve Türkiye'de görülme sıklığı nedir, bu konuda istatistikî bilgileri paylaşabilir misiniz? 
Burada rakamlardan daha önemli bir konu var ki bu hastalıkların görülme oranı Amerika, Kanada ve kuzey Avrupa ülkelerinde dünyanın geri kalan bölgelerinden daha fazla. Türkiye’de görülme sıklığı dünya ortalaması civarında. Gelişmiş ülkelerde bu hastalıkların daha fazla görülüyor olması David Strachan’in hijyen hipotezine bağlanıyor. Bu hipoteze göre, gelişmiş ülkelerde daha az çocuklu çekirdek ailelerde, daha hijyenik koşullarda, daha yüksek oranda antibiyotik kullanarak, doğadan ve hayvanlardan uzak büyüyen çocuklar, daha az mikropla karşılaşıyorlar ve çeşitliliği düşük bir mikrobiyotaya sahip oluyorlar. Bu durum, bağışıklık siteminin yeterince gelişmemesine ve dolayısıyla belirttiğimi hastalıklara neden oluyor. 

Kısaca kendinizden bahsedebilir misiniz?
İstanbul’da doğdum ve üniversiteyi bitirene kadar orada yaşadım. Lise yıllarımdan itibaren biyoloji okumak istiyordum. Lisans eğitimimi Boğaziçi Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünde yaptım. Yaz stajlarım sırasında Avrupa ve Amerika’daki laboratuvarlarda çalışma imkânı buldum ve doktoramı yurtdışında yapmaya karar verdim. 2001 yılında doktora yapmak üzere Amerika’ya geldim. Şu anda doktora sonraki çalışmalarımı sürdürüyorum. 


Bugüne kadar eğitim aldığınız ve çalıştığınız kurumlar hakkında bilgi verebilir misiniz? 
Şişli Terakki Lisesi’nden mezun oldum. Eski ve iyi bir okul olmasına rağmen, lisede iyi bir bilimsel eğitim aldığımızı söyleyemem. Türkiye’deki pek çok lise gibi, öğrencilere bilimsel düşünce yöntemlerini öğretmekten çok, üniversite sınavını kazandırmaya yönelik eğitim veriliyordu. Lisans eğitimimi Boğaziçi Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümünde tamamladım. Teorik olarak sağlam bir temel almamıza rağmen çoğunlukla maddi sebeplerden pratik konularda çok iyi eğitim verilmiyordu. Birçoğumuz yaz stajlarıyla bu açığımızı kapatmaya çalıştık. Ben de Almanya’da Berlin Max Planck Enstitüsü’nde ve Amerika’da Pittsburgh Üniversitesi’nde yaz stajları yaptım. Doktoramı yurt dışında yapmaya karar verdikten sonra Amerika’da birçok okula başvurdum. Massachusetts Üniversitesi Tıp Fakültesine kabul edildim ve doktoramı Neal Silverman’in laboratuvarında meyve sineklerindeki antibakteriyel sinyalleme yolları üzerine tamamladım. Massachusetts Üniversitesi Tıp Fakültesi hızla büyüyen bir okul ve çok iyi bir kadrosu var. Tıp fakültesinde çalışmanın avantajı temel bilimler, uygulama ve klinik araştırmaları yapanların bir arada ve yakın ilişki içinde çalışıyor olmaları. Halen Harvard Üniversitesi Tıp Fakültesinden Dennis Kasper’in laboratuvarında çalışıyorum. Burası tabii ki dünyanın en iyi araştırma merkezlerinden biri fakat rekabet de fazla. UMASS’teki yakın ve ortak çalışma ortamını burada daha az hissediyorum. 

Eğitim aldığınız kurumların halen bulunduğunuz konuma gelmenizdeki katkıları nelerdir, şu anda çalıştığınız kurumu neden seçtiniz?
Boğaziçi Üniversitesi’nde iyi bir teorik eğitim aldığımızı düşünüyorum, fakat benim okuduğum donemde pratik konularda çok iyi eğitilmiyorduk. Yurtdışında yaptığım yaz stajlarının bu konudaki eksikliklerimi kapatmakta çok faydası oldu. Ayrıca çalıştığım yaz projelerinden edindiğim deneyimler ve yayımladığımız makaleler doktoraya kabul edilmemde büyük katkı sağladı. Amerika’da doktora yapmamda Boğaziçi Üniversite’sinden hocam Nese Bilgin’in verdiği destek de çok önemlidir benim için. Massachusetts Üniversitesi tip fakültesinde doktoramı, kariyerine yeni başlayan hocam Neal Silverman’in ilk öğrencisi olarak yaptım. Motivasyonu yüksek, öğretmeyi çok seven ve öğrencilerinin kariyer planlarına büyük destek veren bir insanla çalıştığım için çok şanslıyım. Onun desteği ve yönlendirmeleriyle önce doktora sonrasında hangi konuda çalışmak istediğime karar verdim, sonra o konuda en iyi olan laboratuvarlarla görüşmeler yaptım. Doktora sonrası çalışmalarda, kurumdan çok çalışmak istediğiniz laboratuvar önemli. Ben, Dennis Kasper’in laboratuvarını hem bilimsel çalışmalar hem de insani ilişkiler bakımından çok güzel bir çalışma ortamı sağladığı için seçtim. 

Halen pratiğini yaptığınız branşın Türkiye ve ABD'deki durumunu karşılaştırabilir misiniz? 
Pubmed’de konumla ilgili araştırma yaparken, mikrobiyota alanında Türkiye’deki Tıp Fakültelerinin mikrobiyoloji bölümlerinden bazı klinik çalışmalara rastlıyorum. Maalesef Türkiye’de hangi konuların kimler tarafından çalışıldığını takip etmek çok kolay değil. Üniversitelerin web sitelerinde fakülte üyelerinin laboratuvarları, çalıştıkları konular ve son yayınları hakkında güncellenmiş bilgilere ulaşmak çoğunlukla mümkün olmuyor. Marmara Üniversite’sinden Güner Söyletir’in laboratuvarından bizim de çalıştığımız Bacteroides fragilis isimli bakteriyle ilgili yayınlar görmüştüm. Aslında mikrobiyota alanında yapılan çalışmalar Amerika’da da yeni sayılabilir. Bu konu 1950li yıllardan beri bilinmesine rağmen son yıllarda büyük bir ilgi odağı haline geldi. 2005 yılından beri bu konuda yapılan çalışmalarda patlama yaşandı diyebiliriz. Mikrobiyotamızı oluşturan mikroorganizmaların sindirmeye yardımcı olmak ve bazı vitaminleri üretmek dışında, bağışıklık sitemini regüle ederek bazı hastalıklara direk etki ettikleri anlaşıldı. Artık Clostridium difficile, enfeksiyonunda olduğu gibi, mikrobiyotanın kendisi bir tedavi yöntemi olarak kullanılmaya başlandı. 


Halen çalışmakta olduğunuz kurumu ya da çalışmış olduğunuz kurumları eğitim, araştırma ve sağlık hizmetleri konuları açısından Türkiye'de kurumlar ile karşılaştırabilir misiniz? 
Türkiye’deki kurumlar hakkında çok bilgi sahibi değilim ama duyduğum kadarıyla Türkiye’de de en az buradaki kadar kaliteli bir sağlık hizmeti veriliyormuş. Tabii en temel insan hakkı olan sağlıklı yasam hakkı ücretsiz olması gerekirken, hem Türkiye’de hem Amerika’da sağlık hizmetleri nüfusun çoğunluğu için hala çok pahalı. Bilimsel araştırmaları bakımından Türkiye’de gelişmeler olmakla birlikte hala dünyanın pek çok ülkesinden daha geride. Araştırma konusunda buradaki avantajlardan biri de ders yükünün Türkiye’dekinden az olması. Böylece hocalar vakitlerinin büyük bir kısmını araştırma yapmaya ayırabiliyorlar. 

Türkiye'de halen eğitim almakta olan biyoloji öğrencilerine ya da biyologlara neler önerirsiniz?
Eğer araştırmacı olarak kalmak istiyorlarsa, tavsiyem bu işi yapan insanlarla mümkün olduğu kadar çok konuşup kendilerini nasıl bir hayatın beklediğini öğrenmeleri. Bu zor ve sabır isteyen bir iş. Geri dönüşümü ve ödülleri günlük değil, genelde çok uzun vadeli oluyor. Bazen günlerce uğraştığınız bir deney çıkmayabiliyor, makalenizi basmak için aylarca uğraşmanız gerekebiliyor. İşten çıkıp eve gittiğinizde bile işinizi kafanızdan çıkarmanız pek mümkün olmuyor. Hem aklı, hem bedeni yoran bir iş. Tabii ki her gün bulmaca çözer gibi, çıkmayan deneyleri yeniden dizayn etmek, aklına ilginç bir fikir geldiğinde mutlu olmak ve heyecanla araştırmaya başlamak, dünyanın dört bir yanından insanlarla ortak bir amaç için çalıştığını bilmek, insanlığa ufacık da olsa bir katkıda bulunduğunu hissetmek, makalen yayınlandığında duyduğun o gururla karışık sevinç bu işin güzel tarafları. Ama dediğim gibi herkese uygun olmayabilir, gerçekten bu işi yapmak istediklerine emin olsunlar. 

Hangi bilimsel dergileri takip ediyorsunuz? 
Düzenli olarak takip ettiğim 30 dergi var ama bu dergilerde çıkan makalelerin tamamını okumuyorum. “Old reader” adında bir RSS okuyucu programıyla bu dergilerde çıkan makalelerin baslıklarını ve abstractlarını anında takip edebiliyorum. İlgimi çekenleri ve detaylı okumak istediklerimi işaretleyip Mendeley adlı başka bir programa aktarıp kendi kütüphanemi oluşturuyorum. Benim çalıştığım konuyla ilgili makaleler genelde Science, Nature, Cell, Nature Immunology, Immunity, Cell Host Microbe, Plos Pathogens, PNAS gibi dergilerde çıkıyor. 


Mesleğinizle ilgili en çok ziyaret ettiğiniz 3 internet sitesi nedir?
Literatürü takip etmek için pubmed ve google scholar, networking için linkedin en çok kullandığım siteler. 

Alanınızda araştırma yapanlara mutlaka okumalarını tavsiye ettiğiniz kitaplar hangileri?
Kitaplar bir konuda temel kazanmak için önemli gerçekten ama son gelişmeleri takip etmek için iyi bir yol değil. Birçok okulda ders kitabı olarak okutulan “Janeway’s Immunobiology” ve hocam Dennis Kasper’in editörlüğünü yaptığı “Harrison’s Infectious Diseases” kitapları bağışıklık sistemi alanında çalışmak isteyenler için iyi birer başlangıç kitabı olabilir. Son gelişmeleri takip etmek için derleme makalesi türünde yayınlar daha faydalı bence. “Nature Reviews Immunology” ve “Current Opinion in Immunology” gibi dergileri takip edebilirler. 

Bilim ile uğraşan veya ilgilenen herkese mutlaka okumalarını tavsiye ettiğin bir kitaplar hangileri? Ayrıca yaptığınız spor, tavsiye edeceğiniz film, müzik nelerdir? Bulunduğunuz kurumun size sunduğu sosyal etkinlikler nelerdir?
Ben kitap tavsiye etmek yerine, kaynak tavsiye edeyim. Science dergisinde “Books et al.” ve Nature dergisinde “Books and Arts” başlıklı bölümlerin altında yeni çıkan bilim kitapları tanıtılıyor. Buradan ilgilerini çekecek kitapları takip edebilirler. Ben şu anda Frans de Waal’ın “The Bonobo and the Atheist” kitabını okuyorum. Okumak istediğim bir sonraki kitap da Martin Blaser’in “Missing Microbes” isimli kitabı.  Düzenli olarak spor yaptığımı söyleyemem. 2-3 yıl yelken yaptım. Fırsat buldukça okulun havuzuna gidip yüzüyorum. Şehir içinde mümkün olduğunca bisiklet kullanmaya çalışıyorum.  Massachusetts’in çok güzel bir doğası var. Dağda, ormanda doğa yürüyüşleri yapmayı da çok seviyorum. Müzik konusunda çok bilgili değilim ama sinemayı takip etmeye çalışıyorum. Iran ve Kore sinemalarını özellikle seviyorum. Bahman Ghobadi ve Joon-ho Bong’un filmlerini tavsiye ederim. Okulun spor tesisleri ve havuzu çok iyi. Onun dışında akşam dersleri alabileceğiniz bir sürekli eğitim sistemi var. Harvard çalışanları bu sistemden ücretsiz ders alabiliyorlar. Ben de bir yıldır bu akşam okulundan İspanyolca dersleri alıyorum. 


Yurt dışında biyolog olmanın sıkıntıları nelerdir?
Amerika’da biyologlara özel bir sıkıntı yaşamadım ama Amerika’daki çalışma sistemi genel olarak Avrupa’ya kıyasla daha acımasız. Özellikle doktora öğrencileri çok düşük maaşlarla çalışmak zorunda kalıyorlar. Tatil süresi ve sosyal haklar çok az. Sağlık ve emeklilik gibi hizmetler tamamen özelleştirilmiş durumda. Anne olmak isteyen kadınlar için şartlar daha da zor. Doğum izni sadece 8 hafta ve kreşler çok pahalı. Birçok kadın akademisyen doğurmak için kariyerinden fedakârlık yapmak zorunda kalıyor. Bu konuda Nature’da bir makale yayımlanmıştı. Biyoloji bölümlerinde kadın ve erkek öğrenci sayısı eşitken, tam zamanlı profesör pozisyonuna gelindiğinde erkeklerin sayıca çok daha fazla olduğu görülüyor. Amerika’daki sistem maalesef kadın akademisyenlerin hayatını kolaylaştıracak imkânları sunmuyor. 

Türkiye'de biyolojinin durumu nedir? Ülke dışında tahsil almak gerekli midir? Kimler için daha uygundur?
Benim Türkiye’den ayrıldığım 2001 senesinden beri Türkiye’de biyoloji alanında büyük ilerleme olduğunu orada çalışan arkadaşlarımdan ve hocalarımdan duyuyorum. Fakat yine de bilimsel makale üretimi, kalitesi ve atıf sayısı bakımından dünya sıralamasında çok iyi durumda değiliz. Ülke dışında eğitim almak gerçekten çok faydalı ama gerekli olup olmadığı kişiye göre değişir. Yurt dışında yaşam özellikle ilk yıllarda, gittiğiniz ülkeye adapte olana kadar oldukça zor oluyor. Ayrıca aile olarak gelenler için durum daha da zor. Örneğin Amerika'da eşlere çalışma izni verilmiyor, bu da maddi ve manevi birçok soruna yol açıyor. Yeniliklere açık, değişik kültürlere meraklı, memleket hasretini kafaya takmayan biriyseniz yurt dışında tahsil almak ve yaşamak çoğaltıcı bir deneyim bence. 


ABD'deki kurumların yabancı biyologlara karşı özel bir tutumu var mıdır?
Çalıştığım üniversitelerde ırkçılık ve ayrımcılığı önlemeye yönelik kâğıt üzerinde birçok kural olmasına rağmen olumsuz deneyimler yaşayanlar da vardır eminim. Kendi yaşadıklarım özelinde Türkiyeli olmamın bana avantaj veya dezavantaj sağladığı bir durumla karşılaşmadım. Özellikle tıp ve biyoloji alanlarında çok kültürlü bir ortamda çalıştığımızı söyleyebilirim. Örneğin bizim 13 kişilik laboratuvarımız 6 farklı ülkeden gelen insanlardan oluşuyor. Olumsuz bir durumla karşılaşmamış olmamın Massachusetts gibi görece daha liberal bir eyalette yaşıyor olmakla da alakası var. Muhafazakârlık ve milliyetçiliğin daha yüksek olduğu başka eyaletlerde olumsuz bir durumla karşılaşma ihtimaliniz de daha yüksek. 

ABD'deki ünlü araştırma merkezlerine eğitim amaçlı olarak girebilmek mümkün müdür?
Benim gözlemlerime göre Boston civarındaki okullara Türkiye’den lisans ve lisansüstü eğitim için gelen öğrencilerin sayısında büyük artış var. Amerika’daki okullara kabul şartları genelde standarttır, o koşulları yerine getirdiğiniz sürece tabii ki girebilmek mümkündür. 

Araştırma ekibinizin bir rutin gününü anlatabilir misiniz?
Aslında her gün birbirinde farklı geçiyor ama düzenli olarak yaptıklarımızdan bahsedeyim. Pazartesi sabahları laboratuvar toplantımız oluyor. Her hafta laboratuvardan bir kişi projesiyle ilgili sunum yapıyor, deney sonuçlarını ve planlarını anlatıyor, hep birlikte tartışıyoruz, önerilerde bulunuyoruz. Öğlen bölümde seminer varsa ona katılıyorum. Öğleden sonra büyümekte olan hücre kültürüm varsa onları kontrol ediyorum, gerekiyorsa medyumunu değiştiriyorum. Daha sonra farelerimi kontrol etmeye gidiyorum. Eğer kolit modeli gibi sürmekte olan bir deneyim varsa kilo değişikliklerini günlük olarak kaydetmemiz gerekiyor. Ayrıca fareleri çiftleştirmek, büyüyen yavruları annelerinden ayırmak gibi rutin işler de oluyor. Daha sonra haftanın geri kalanında yapmam gereken deneyleri planlıyorum, ısmarlamam gereken malzemeler varsa ısmarlıyorum. Kendi projemi tek başıma yürütüyorum ama takıldığım yerlerde laboratuvardaki diğer arkadaşlara danışıp fikir alışverişinde bulunduğum oluyor. Her cuma hocamla birebir toplantım var. O toplantıda da ona yaptığım deneyler hakkında düzenli olarak bilgi veriyorum, sonuçları ve yapacağım şeyleri birlikte tartışıyoruz. Deneylerden kalan zamanlar da yeni çıkan makaleleri takip etmekle geçiyor.

Hiç yorum yok:

Related Posts Plugin for WordPress, Blogger...